事業売却にかかる税金っていくら？ 知れば得する！売り手必見の知識

事業売却を検討しているものの、税金がどれくらいかかるのか不安ではありませんか？
手続きの煩雑さや、思わぬ税負担が資金繰りに影響しないか心配で、なかなか一歩を踏み出せない方も多いでしょう。
この記事では、事業売却にかかる税金の全体像から具体的な対策まで、売り手が知っておくべきポイントをわかりやすく解説します。

事業売却の税金を俯瞰：まず押さえる全体像

事業売却を進める際、最初に押さえておきたいのが「どのような税金が、どのタイミングで、どれだけ発生するのか」という全体像です。
事業売却には主に「事業譲渡（資産譲渡）」と「株式譲渡」の2つの方式があり、それぞれ課税される税目や計算方法が大きく異なります。
また、売却主体が法人か個人かによっても、適用される税率や控除、申告方法が変わるため、事前の整理が不可欠です。
さらに、売却益だけでなく、消費税や印紙税、登録免許税などの周辺コストも発生するため、総合的な資金計画が重要となります。
まずは全体像を把握し、どの方式が自社にとって最適かを見極めることが、税負担を抑える第一歩です。

• 事業譲渡と株式譲渡で課税関係が異なる
• 法人・個人で税目や計算方法が変わる
• 消費税・印紙税などの周辺コストも要確認

方式	主な課税対象	主な税目
事業譲渡	資産・負債の譲渡益	法人税・消費税
株式譲渡	株式売却益	所得税・住民税（個人）／法人税（法人）

事業譲渡と株式譲渡で変わる課税関係

事業売却の方法によって、課税関係は大きく異なります。
事業譲渡（資産譲渡）の場合、譲渡した資産ごとに譲渡益を計算し、法人税や消費税が発生します。
一方、株式譲渡の場合は、株主が保有する株式の売却益に対して所得税や住民税（個人の場合）、または法人税（法人の場合）が課税されます。
どちらの方式を選ぶかによって、税負担や手取り額、手続きの複雑さが変わるため、慎重な検討が必要です。
また、事業譲渡では資産ごとに課税区分を整理する必要があり、株式譲渡ではみなし配当や時価評価の論点も生じることがあります。
自社の状況や売却目的に応じて、最適なスキームを選択しましょう。

• 事業譲渡：資産ごとに譲渡益・消費税が発生
• 株式譲渡：株主の売却益に所得税・住民税等が課税
• 方式選択で税負担・手取り額が変動

方式	課税対象	主な論点
事業譲渡	資産・負債	消費税・資産評価・のれん
株式譲渡	株式	売却益・みなし配当・時価評価

個人・法人で異なる税目と計算の考え方

事業売却にかかる税金は、売却主体が「法人」か「個人」かによっても大きく異なります。
法人が事業譲渡を行う場合は、譲渡益が法人税の課税対象となり、消費税も発生します。
一方、個人事業主やオーナーが株式譲渡を行う場合は、売却益に対して所得税・住民税が課され、分離課税や長短区分の適用もポイントです。
また、法人の場合は繰越欠損金の活用や、役員退職金の支給による所得圧縮など、独自の節税策も検討できます。
個人の場合は取得費や譲渡費用の証憑整備、特例控除の適用可否などが重要となります。
自社の形態に合わせて、最適な税務対応を進めましょう。

• 法人：法人税・消費税・繰越欠損金の活用
• 個人：所得税・住民税・分離課税・特例控除
• 計算方法や申告手続きが異なる

主体	主な税目	節税ポイント
法人	法人税・消費税	繰越欠損金・退職金
個人	所得税・住民税	取得費・特例控除

税務デューデリジェンスで確認すべき範囲

事業売却を円滑に進めるためには、事前の税務デューデリジェンス（税務調査）が不可欠です。
売却対象となる資産や負債の評価、過去の税務申告内容、未払税金や潜在的な税務リスクの有無などを徹底的に洗い出すことで、後々のトラブルや追徴課税を防ぐことができます。
特に、消費税の課税・非課税区分、のれんや無形資産の評価、繰越欠損金の適用可否などは、売却後の税負担に大きく影響します。
また、証憑類の整備や、契約書・許認可の確認も重要なポイントです。
税務デューデリジェンスを通じて、売却スキームの最適化や税負担の予測精度を高めましょう。

• 資産・負債の評価と税務リスクの洗い出し
• 消費税・のれん・繰越欠損金の確認
• 証憑・契約書・許認可の整備

確認項目	主な内容
資産・負債	評価額・簿価・減価償却状況
税務申告	過去の申告内容・未払税金
証憑類	取得費・契約書・許認可

方式別の税金：事業譲渡（資産譲渡）のポイント

事業譲渡（資産譲渡）を選択した場合、譲渡対象となる資産ごとに税務上の取扱いが異なります。
特に、消費税の課税・非課税区分や、譲渡益の計算方法、のれんや無形資産の評価などが重要な論点です。
また、譲渡益に対する法人税の計算や、必要経費・簿価の扱いもポイントとなります。
事業譲渡は、資産ごとに細かく税務処理を行う必要があるため、事前の整理と証憑類の整備が不可欠です。
ここでは、事業譲渡における主要な税務ポイントを詳しく解説します。

消費税の対象資産と非課税項目の整理

事業譲渡では、譲渡する資産ごとに消費税の課税・非課税区分を明確にすることが重要です。
たとえば、商品や備品、機械設備などの有形固定資産は消費税の課税対象となりますが、土地や株式、預金などは非課税です。
また、営業権（のれん）や特許権などの無形資産も原則として課税対象となります。
課税・非課税の区分を誤ると、後から追徴課税やトラブルの原因となるため、譲渡資産のリストアップと区分整理を徹底しましょう。
消費税の計算や申告に備え、資産ごとの明細や証憑も整備しておくことが大切です。

• 有形固定資産は原則課税対象
• 土地・株式・預金は非課税
• のれん・特許権など無形資産も課税対象

資産の種類	消費税区分
商品・備品・機械	課税
土地・株式・預金	非課税
のれん・特許権	課税

譲渡益の計算と必要経費・簿価の扱い

事業譲渡における譲渡益は、譲渡価額から譲渡資産の簿価および譲渡に直接要した費用を差し引いて算出します。
この譲渡益が法人税の課税対象となるため、正確な簿価の把握と必要経費の証憑整備が不可欠です。
譲渡に伴う仲介手数料や登記費用、契約書作成費用なども必要経費として控除可能です。
また、減価償却資産の場合は、譲渡時点までの減価償却累計額を考慮した簿価で計算する必要があります。
譲渡益の計算を誤ると、税負担が過大になるリスクがあるため、会計帳簿や台帳の整備を徹底しましょう。

• 譲渡価額－簿価－必要経費＝譲渡益
• 仲介手数料・登記費用も必要経費
• 減価償却資産は償却後簿価で計算

項目	内容
譲渡価額	売却金額
簿価	帳簿上の残高
必要経費	手数料・登記費用等

のれん・無形資産の評価と税務上の取扱い

事業譲渡で発生する「のれん」や特許権などの無形資産は、税務上も重要な論点です。
のれんは、譲渡価額が資産・負債の時価純資産額を上回る部分として計上され、買い手側では5年で均等償却が可能です。
売り手側では、のれんの譲渡益が法人税の課税対象となります。
また、特許権や商標権などの無形資産も、譲渡価額と簿価の差額が譲渡益となり、課税対象です。
無形資産の評価は専門的な知見が必要な場合も多いため、事前に評価方法や証憑を整備しておくことがリスク回避につながります。

• のれんは買い手で5年償却、売り手は譲渡益課税
• 特許権・商標権も譲渡益課税
• 評価方法・証憑の整備が重要

無形資産	税務上の取扱い
のれん	譲渡益課税／買い手は5年償却
特許権・商標権	譲渡益課税

方式別の税金：株式譲渡のポイント

株式譲渡による事業売却では、主に株主が得る売却益に対して課税されます。
個人株主の場合は所得税・住民税、法人株主の場合は法人税が中心となります。
また、配当や役員退職金との関係、みなし配当や時価評価の論点も整理が必要です。
株式譲渡は事業譲渡に比べて手続きがシンプルな一方、税務上の注意点も多いため、事前の確認が不可欠です。

株式売却益の課税と申告区分

株式譲渡による売却益は、個人株主の場合「譲渡所得」として分離課税の対象となります。
税率は所得税15.315％、住民税5％（合計20.315％）が原則です。
法人株主の場合は、売却益が法人税の課税対象となり、他の所得と合算して課税されます。
売却益の計算は「譲渡価額－取得費－譲渡費用」で行い、取得費や譲渡費用の証憑が重要です。
また、申告区分や申告方法を誤ると、追徴課税やペナルティのリスクがあるため、正確な申告が求められます。

• 個人：分離課税（20.315％）
• 法人：法人税課税
• 取得費・譲渡費用の証憑が必須

株主区分	課税方法	税率
個人	分離課税	20.315％
法人	法人税課税	法人税率

配当・役員退職金との関係整理

株式譲渡と同時に配当や役員退職金を支給する場合、それぞれの税務上の取扱いに注意が必要です。
配当は配当所得として総合課税または申告分離課税の対象となり、株式譲渡益とは別に課税されます。
役員退職金は退職所得として優遇税率が適用されるため、譲渡益と合わせて税負担を抑えるスキームとして活用されることもあります。
ただし、過大な退職金や不自然な配当は税務調査の対象となるリスクがあるため、適正額の設定と証憑整備が重要です。

• 配当は配当所得として課税
• 役員退職金は退職所得として優遇税率
• 適正額の設定と証憑整備が必要

項目	税務上の取扱い
配当	配当所得（総合課税または分離課税）
役員退職金	退職所得（優遇税率）

みなし配当・時価評価に関する留意点

株式譲渡の際、譲渡価額が資本金等の額を上回る場合や、自己株式の取得など特定のケースでは「みなし配当」として課税されることがあります。
また、譲渡価額が著しく低い場合や関係会社間取引では、時価評価が求められ、適正な価格設定が重要です。
みなし配当や時価評価の誤りは、追徴課税や税務調査のリスクを高めるため、事前に税理士等の専門家と相談し、適切な対応を行いましょう。

• みなし配当課税の有無を確認
• 関係会社間取引は時価評価が必要
• 適正な価格設定と証憑整備が重要

論点	留意点
みなし配当	資本金等超過部分に課税
時価評価	関係会社間取引で必要

個人の税金：所得税・住民税の基本

個人事業主やオーナーが事業売却や株式譲渡を行う場合、所得税・住民税の課税関係が大きなポイントとなります。
特に、長期・短期の分類や分離課税の適用、取得費や譲渡費用の証憑整備、各種特例や控除の適用可否など、手取り額に直結する論点が多く存在します。
正しい知識と準備で、税負担を最適化しましょう。

長短分類・分離課税の概念を確認

個人が事業や株式を売却した場合、譲渡益は「長期譲渡所得」または「短期譲渡所得」に分類されます。
株式の場合は保有期間にかかわらず分離課税（20.315％）ですが、不動産や事業用資産の譲渡では5年超の保有で長期譲渡所得となり、税率が軽減される場合があります。
また、株式譲渡益は他の所得と合算せず、分離して課税されるため、所得税の累進課税の影響を受けません。
この分類や課税方法を正しく理解し、適切な申告を行うことが重要です。

• 株式譲渡益は分離課税（20.315％）
• 不動産・事業用資産は長短区分で税率が異なる
• 分離課税は他の所得と合算しない

資産区分	課税方法	税率
株式	分離課税	20.315％
不動産（5年超）	長期譲渡所得	15％＋住民税5％

取得費・譲渡費用の証憑整備

譲渡益の計算では、取得費や譲渡費用を正確に把握し、証憑を整備することが不可欠です。
取得費は購入時の契約書や領収書、譲渡費用は仲介手数料や登記費用などが該当します。
証憑がない場合、取得費が認められず、譲渡益が過大に計算されてしまうリスクがあります。
売却を検討する段階から、関連書類を整理・保管しておきましょう。

• 取得費：購入時の契約書・領収書
• 譲渡費用：仲介手数料・登記費用等
• 証憑がないと取得費が認められない場合あり

項目	証憑例
取得費	契約書・領収書
譲渡費用	仲介手数料・登記費用の領収書

特例・控除の適用可否をチェック

個人の事業売却や株式譲渡では、各種特例や控除の適用可否が手取り額に大きく影響します。
たとえば、特定の中小企業株式の譲渡には「特定中小企業者等の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例」などがあり、一定の要件を満たせば税負担を軽減できます。
また、事業用資産の譲渡では「特定事業用資産の買換え特例」なども検討可能です。
適用要件や手続きは複雑なため、事前に確認し、必要な書類を準備しましょう。

• 中小企業株式の特例
• 事業用資産の買換え特例
• 適用要件・必要書類の確認が必須

特例名	主な内容
中小企業株式の特例	一定要件で税率軽減
事業用資産の買換え特例	譲渡益の繰延べ

法人の税金：法人税等の計上論点

法人が事業売却を行う場合、譲渡益は法人税等の課税対象となります。
譲渡益の益金算入や費用認識のタイミング、繰越欠損金の活用、グループ内取引や移転価格税制の留意点など、法人特有の論点が多く存在します。
これらを正しく理解し、適切な会計処理・税務申告を行うことが、税負担の最適化とリスク回避につながります。

譲渡益の益金算入と費用認識のタイミング

法人が事業や資産を売却した場合、譲渡益は原則として売却契約が成立した事業年度の益金に算入されます。
一方、譲渡にかかった費用（仲介手数料や登記費用など）は、発生した事業年度の損金として認識します。
売却代金の受領時期と益金・損金の計上時期がずれる場合もあるため、決算期の設計やクロージング日程の調整が重要です。
適切なタイミングでの計上により、税負担の平準化や資金繰りの安定化が図れます。

• 譲渡益は契約成立年度の益金
• 譲渡費用は発生年度の損金
• 決算期・クロージング日程の調整が有効

項目	計上時期
譲渡益	契約成立年度
譲渡費用	発生年度

繰越欠損金の活用と制限事項

法人が過去に赤字（欠損金）を計上している場合、事業売却による譲渡益と相殺することで、法人税の負担を軽減できます。
ただし、繰越欠損金の利用には制限があり、資本金1億円超の大企業や、一定の組織再編を伴う場合は控除限度額が設けられています。
また、繰越期間や適用要件も毎年見直されているため、最新の税制を確認し、適切に活用しましょう。

• 繰越欠損金で譲渡益と相殺可能
• 大企業や組織再編時は控除制限あり
• 繰越期間・要件の確認が必要

区分	主な制限
中小企業	全額控除可（一定要件）
大企業	控除限度額あり

グループ内取引・移転価格の留意点

グループ会社間での事業売却や資産譲渡の場合、取引価格が適正かどうか（時価評価）が税務上の重要な論点となります。
不当に低い価格や高い価格での取引は、移転価格税制の適用や寄附金認定のリスクがあるため、第三者間取引と同等の条件で価格設定を行うことが求められます。
また、証憑や価格算定根拠の整備も重要です。

• グループ内取引は時価評価が原則
• 移転価格税制・寄附金認定のリスク
• 価格算定根拠・証憑の整備が必須

論点	留意点
時価評価	第三者間取引と同等条件
移転価格税制	不当な価格設定は課税リスク

消費税・インボイスの実務対応

事業売却に際しては、消費税の課税区分やインボイス制度への対応も重要な実務ポイントです。
特に2023年10月から始まったインボイス制度では、適格請求書の発行・保存が求められ、資産一括譲渡時の課税区分や按分方法、非課税資産の仕分けなど、実務上の対応が複雑化しています。
正確な処理でトラブルや追徴課税を防ぎましょう。

インボイス登録と適格請求書の発行管理

2023年10月から導入されたインボイス制度により、事業売却時にも適格請求書（インボイス）の発行・保存が求められます。
売り手がインボイス発行事業者でない場合、買い手は仕入税額控除が受けられなくなるため、取引先との調整や事前の登録が重要です。
また、譲渡資産ごとにインボイスの発行が必要な場合もあるため、資産リストと請求書管理を徹底しましょう。
インボイスの発行・保存義務違反は、税務調査時のリスクとなるため、実務対応を怠らないことが大切です。

• インボイス発行事業者の登録確認
• 資産ごとの請求書管理
• 発行・保存義務違反に注意

対応項目	ポイント
インボイス登録	売り手の登録状況を確認
請求書管理	資産ごとに発行・保存

資産一括譲渡時の課税区分と按分方法

事業譲渡で複数の資産を一括して売却する場合、課税資産と非課税資産を明確に区分し、譲渡価額を合理的に按分する必要があります。
たとえば、土地（非課税）と建物（課税）をまとめて譲渡する場合、それぞれの時価や帳簿価額を基準に按分します。
按分方法が不明確だと、消費税の申告誤りや追徴課税のリスクが高まるため、事前に会計士や税理士と相談し、根拠資料を整備しましょう。

• 課税・非課税資産の区分整理
• 合理的な按分方法の選定
• 根拠資料の整備が重要

資産区分	按分基準例
土地・建物	時価・帳簿価額
有形・無形資産	評価額

非課税資産・免税取引の仕分け

事業売却に含まれる資産のうち、土地や株式、預金などは消費税の非課税資産に該当します。
また、一定の条件を満たす場合は免税取引となるケースもあります。
これらの資産を正確に仕分けし、課税資産と区別して帳簿や契約書に明記することが、消費税申告の正確性とリスク回避につながります。
非課税・免税の判定を誤ると、後から修正申告や追徴課税が発生する恐れがあるため、慎重な対応が必要です。

• 土地・株式・預金は非課税資産
• 免税取引の要件確認
• 帳簿・契約書で明確に区分

資産の種類	消費税区分
土地	非課税
株式	非課税
預金	非課税

源泉・印紙・登録免許税など周辺コスト

事業売却には、譲渡益や消費税以外にも、源泉徴収税、印紙税、登録免許税などの周辺コストが発生する場合があります。
これらのコストは取引内容や契約形態によって異なるため、事前に確認し、資金計画に反映させることが重要です。
見落としがちなコストも多いため、契約前にしっかりと把握しておきましょう。

源泉徴収が関係するケースの確認

事業売却においては、役員退職金や一定の報酬、海外法人への支払いなど、源泉徴収が必要となるケースがあります。
たとえば、役員退職金を支給する場合は、所得税の源泉徴収が義務付けられており、支給額や支給時期によって税率が異なります。
また、海外の法人や個人に対して譲渡対価を支払う場合も、租税条約や国内法に基づく源泉徴収が必要となることがあります。
源泉徴収漏れは追徴課税やペナルティのリスクがあるため、該当する取引がないか事前に確認し、適切な手続きを行いましょう。

• 役員退職金の源泉徴収
• 海外法人・個人への支払い時の源泉
• 源泉徴収漏れは追徴リスク

対象取引	源泉徴収の有無
役員退職金	必要
海外法人への支払い	要確認

契約書の印紙税と貼付実務

事業売却契約書や資産譲渡契約書には、印紙税の貼付が必要となる場合があります。
契約金額や契約内容によって印紙税額が異なり、貼付漏れや過少貼付は税務調査時に指摘されるリスクがあります。
契約書作成時には、印紙税額表を確認し、適切な金額の印紙を貼付・消印することが重要です。
電子契約の場合は印紙税が不要となるケースもあるため、契約方法も含めて検討しましょう。

• 契約書の印紙税額を確認
• 貼付・消印の実務を徹底
• 電子契約は印紙税不要の場合あり

契約書の種類	印紙税額
事業譲渡契約書	契約金額に応じて変動
資産譲渡契約書	契約金額に応じて変動

登記・登録が必要な場合の税費

事業売却に伴い、不動産や特許権などの権利移転が発生する場合は、登記や登録にかかる登録免許税が必要です。
不動産の所有権移転登記では、譲渡価額や固定資産税評価額に応じて税額が決まります。
また、特許権や商標権の移転登録にも所定の登録免許税が発生します。
これらの税費は売却コストとして見落とされがちなので、事前に必要額を見積もり、資金計画に組み込んでおきましょう。

• 不動産移転登記の登録免許税
• 特許権・商標権の移転登録税
• 税費の見積もりと資金計画が重要

対象資産	税費の種類
不動産	登録免許税
特許権・商標権	登録免許税

税負担を抑えるための進め方

事業売却における税負担は、売却スキームや決算期の設計、対価の分割方法などによって大きく変動します。
最適な進め方を選択することで、税負担を抑え、手取り額を最大化することが可能です。
ここでは、具体的な比較や設計ポイント、税務整理の方法について解説します。