どっちが得？事業譲渡・株式譲渡｜メリット・デメリットを徹底比較！

撤退や後継者不在、資金繰りの課題で事業売却を検討中の方も多いのではないでしょうか？
「事業譲渡」と「株式譲渡」、どちらが自社に合うのか迷っていませんか？
この記事では、両者の違いと選び方、メリット・デメリットを徹底解説します。

事業譲渡と株式譲渡の基本的な違い

事業譲渡と株式譲渡は、どちらも会社の経営権や資産を他者に移す手法ですが、譲渡の対象や手続き、関係者の構図が大きく異なります。
事業譲渡は会社の一部または全部の事業単位で資産や負債を選択的に移転できるのに対し、株式譲渡は会社そのもの（法人格）を株主ごと移すイメージです。
この違いを正しく理解することが、スムーズな売却やリスク回避の第一歩となります。

承継範囲の違い（資産単位か会社丸ごとか）

事業譲渡は、売却したい事業や資産、負債を個別に選んで移転できるのが特徴です。
たとえば、不要な在庫や不採算部門を除外し、主力事業だけを譲渡することも可能です。
一方、株式譲渡は会社の株式を譲渡することで、会社全体の権利義務（資産・負債・契約・従業員など）を一括して承継します。
このため、承継範囲の柔軟性やリスクの切り分け方に大きな違いがあります。

譲渡方法	承継範囲
事業譲渡	選択した事業・資産・負債のみ
株式譲渡	会社全体（法人格ごと）

手続き・必要承諾の違い（契約・許認可・取引先）

事業譲渡では、譲渡対象となる資産や契約ごとに個別の移転手続きや、取引先・従業員・許認可元からの承諾が必要となるケースが多いです。
たとえば、主要な取引契約やリース契約、従業員の雇用契約も一つひとつ再契約や同意取得が求められます。
一方、株式譲渡は株主が変わるだけで会社自体は存続するため、契約や許認可の多くはそのまま引き継がれ、手続きが比較的シンプルです。

• 事業譲渡：個別契約・許認可の再取得や承諾が必要
• 株式譲渡：原則として契約・許認可は自動承継

スケジュール感と関係者の構図

事業譲渡は、個別の資産や契約ごとに移転手続きが発生するため、関係者が多くなりがちで、スケジュールも長期化しやすい傾向があります。
特に、主要取引先や従業員、許認可元との調整が必要な場合は、事前準備や交渉に時間を要します。
一方、株式譲渡は株主間の合意が成立すれば、比較的短期間で取引が完了しやすく、関係者も限定的です。
ただし、株主構成や会社のガバナンス状況によっては、調整が必要な場合もあります。

譲渡方法	関係者	スケジュール感
事業譲渡	取引先・従業員・許認可元など多数
株式譲渡	株主・経営陣中心	短期間で完了しやすい

メリット・デメリット比較

事業譲渡と株式譲渡には、それぞれ異なるメリット・デメリットが存在します。
自社の状況や目的に応じて、どちらが適しているかを見極めることが重要です。
ここでは、両者の特徴を具体的に比較し、判断材料を整理します。

事業譲渡のメリット（不要資産を切り分けやすい 等）

事業譲渡の最大のメリットは、譲渡対象を柔軟に選べる点です。
不要な資産や負債、不採算部門を除外し、主力事業や収益性の高い部分だけを売却することが可能です。
また、簿外債務やリスクの切り分けがしやすく、買い手・売り手双方にとって納得感のある取引設計ができます。
特定の事業だけを売却したい場合や、会社全体の売却に抵抗がある場合に有効な手法です。

• 不要資産・負債を除外できる
• リスクの切り分けがしやすい
• 特定事業のみの売却が可能

事業譲渡のデメリット（個別承継の手間・再契約）

一方で、事業譲渡は個別の資産や契約ごとに移転手続きが必要となるため、手間や時間がかかる点がデメリットです。
主要な取引先や従業員、許認可元からの承諾や再契約が求められる場合、調整や交渉に多大な労力を要します。
また、移転漏れや手続きミスが発生しやすく、事前の棚卸しやチェックリストの活用が不可欠です。
スムーズな移行のためには、綿密な準備と関係者との連携が重要となります。

• 個別承諾・再契約の手間が大きい
• 移転漏れリスクがある
• スケジュールが長期化しやすい

株式譲渡のメリット（承継がスムーズ・継続性）

株式譲渡の大きなメリットは、会社全体を一括して承継できるため、手続きがシンプルでスピーディーな点です。
契約や許認可、従業員の雇用契約も原則としてそのまま引き継がれるため、事業の継続性が高く、関係者への影響も最小限に抑えられます。
また、株主間の合意が得られれば、短期間で取引が成立しやすいのも特徴です。
会社全体の売却や、後継者不在時の事業承継に適した手法といえます。

• 手続きがシンプルでスピーディー
• 事業の継続性が高い
• 関係者への影響が少ない

株式譲渡のデメリット（簿外リスク・包括承継）

一方、株式譲渡は会社全体を包括的に承継するため、簿外債務や潜在的なリスクも引き継ぐことになります。
過去の契約や未認識の負債、法的リスクなどが後から発覚する可能性もあるため、事前のデューデリジェンス（調査）が重要です。
また、株主構成やガバナンス状況によっては、合意形成に時間がかかる場合もあります。
リスク管理や情報開示の徹底が求められる手法です。

• 簿外債務・リスクも包括承継
• 事前調査が不可欠
• 株主間の合意形成が必要

費用・手数料・実費の違い

事業譲渡と株式譲渡では、発生する費用や手数料、実費の構造にも違いがあります。
特に、デューデリジェンス（調査）の範囲や契約・登記にかかる実費、仲介手数料の有無などがコストに大きく影響します。
直接買取の場合は、仲介手数料が大幅に削減できる点も見逃せません。
コスト構造を理解し、無駄な出費を抑えることが重要です。

デューデリジェンスの範囲とコスト感の傾向

事業譲渡では、譲渡対象となる事業や資産に限定して調査が行われるため、範囲が明確でコストも抑えやすい傾向があります。
一方、株式譲渡は会社全体のリスクを包括的に調査する必要があり、調査範囲が広くなりがちです。
その分、専門家報酬や調査コストが高くなる場合もあります。
どちらも事前に見積もりを取り、必要な範囲を明確にしておくことが大切です。

• 事業譲渡：対象事業のみ調査、コスト抑制しやすい
• 株式譲渡：会社全体を調査、コスト増加傾向

契約・登記・印紙などの実費項目

事業譲渡では、資産や契約ごとに譲渡契約書を作成し、印紙税や登記費用が発生する場合があります。
特に不動産や知的財産権の移転には、別途登記や登録の実費が必要です。
株式譲渡の場合は、株式譲渡契約書の印紙税や、場合によっては株主名簿の書き換え費用などが発生します。
どちらも、事前に必要な実費項目をリストアップしておくと安心です。

• 事業譲渡：印紙税、登記費用、登録免許税など
• 株式譲渡：印紙税、名簿書換費用など

直接買取のときのコスト構造の特徴

当社のような直接買取サービスを利用する場合、仲介手数料が発生しないため、コストを大幅に抑えることができます。
また、査定から買取までの流れがシンプルで、余計な中間コストや時間的ロスも最小限です。
秘密厳守・早期決済・手数料削減といったメリットを活かし、スピーディーな資金化が可能となります。
コスト面での安心感を重視する方におすすめの選択肢です。

• 仲介手数料が不要
• 余計な中間コストが発生しない
• スピーディーな資金化が可能

税務観点の違い（数値断定なし）

事業譲渡と株式譲渡では、課税対象や税目、消費税の扱いなど税務面でも違いがあります。
税負担や手続きの複雑さは、譲渡方法の選択に大きく影響します。
ここでは、主な論点を整理し、注意すべきポイントを解説します。

事業譲渡で論点になりやすい税目と価格配分

事業譲渡では、譲渡した資産ごとに消費税や法人税などの課税が発生します。
特に、譲渡価格の配分（営業権・在庫・設備など）によって税負担が変わるため、慎重な設計が必要です。
また、譲渡益に対する法人税や、資産の種類によっては登録免許税なども論点となります。
税理士など専門家と連携し、最適な価格配分を検討しましょう。

• 消費税・法人税が発生
• 価格配分による税負担の違い
• 登録免許税なども考慮

株式譲渡で論点になりやすい課税関係

株式譲渡の場合、譲渡益に対して所得税や住民税が課されます。
法人が売主の場合は法人税、個人が売主の場合は分離課税となることが一般的です。
また、株式譲渡自体には消費税はかかりませんが、譲渡益の計算や過去の利益剰余金の扱いなど、税務上の論点が複数存在します。
事前に税務リスクを整理し、適切な申告・納税を行うことが重要です。

• 譲渡益に所得税・住民税（または法人税）
• 消費税は非課税
• 利益剰余金の扱いに注意

消費税・インボイス対応の整理

事業譲渡では、譲渡対象となる資産やサービスに消費税が課される場合があります。
特にインボイス制度の導入後は、適格請求書の発行や消費税区分の明確化が求められます。
一方、株式譲渡は消費税の対象外ですが、譲渡に付随するサービスやコンサル料などは課税対象となることもあります。
消費税の取り扱いを事前に整理し、トラブルを防ぎましょう。

• 事業譲渡：消費税・インボイス対応が必要
• 株式譲渡：原則非課税
• 付随サービスは課税対象の場合あり

人・契約・個人情報への影響

事業譲渡と株式譲渡では、従業員の雇用や主要契約、個人情報の取り扱いにも大きな違いが生じます。
特に、従業員の雇用継続や顧客データの移転、許認可の再取得など、実務面での影響を正しく把握しておくことが重要です。
ここでは、各ポイントごとに注意点を整理します。

従業員の雇用引継ぎと労務実務

事業譲渡の場合、従業員の雇用契約は自動的に移転せず、原則として個別に同意を得て新たな雇用契約を締結する必要があります。
そのため、従業員への説明や同意取得、労働条件の調整など、労務実務が煩雑になりやすいです。
一方、株式譲渡では会社自体が存続するため、雇用契約もそのまま継続され、従業員への影響は最小限に抑えられます。

• 事業譲渡：従業員ごとに同意・新契約が必要
• 株式譲渡：雇用契約は自動的に継続

主要契約・許認可の承継可否と再取得

事業譲渡では、取引先との契約や各種許認可は自動的に移転されず、個別に承諾や再取得が必要となる場合が多いです。
特に、許認可事業や独占的な取引契約がある場合は、事前に承継可否を確認し、必要な手続きを進めることが不可欠です。
株式譲渡の場合は、会社自体が存続するため、契約や許認可も原則としてそのまま引き継がれます。

• 事業譲渡：契約・許認可の再取得や承諾が必要
• 株式譲渡：原則として自動承継

個人情報・会員データの取り扱い

事業譲渡では、顧客や会員の個人情報を第三者に移転することになるため、個人情報保護法に基づく同意取得や通知が必要となる場合があります。
特に、会員制ビジネスやECサイトなど、個人情報を多く扱う事業では慎重な対応が求められます。
株式譲渡の場合は、会社自体が存続するため、個人情報の管理主体が変わらず、追加の同意取得は不要です。

• 事業譲渡：個人情報の同意取得・通知が必要な場合あり
• 株式譲渡：管理主体が変わらず追加手続き不要

スピード・成立確度・情報管理

売却プロセスのスピードや成立確度、情報管理の方法も、事業譲渡と株式譲渡で異なります。
どの工程が短縮しやすいか、成立確度を高めるための準備、情報漏洩リスクへの対策など、実務上のポイントを押さえておきましょう。

短縮しやすい工程／短縮しにくい工程

株式譲渡は、株主間の合意が得られれば比較的短期間で成立しやすいのが特徴です。
一方、事業譲渡は個別の契約や許認可、従業員同意など多くの手続きが必要なため、工程の短縮が難しい場合があります。
どちらの方法でも、事前準備や関係者との調整がスムーズな進行のカギとなります。

• 株式譲渡：合意形成後は短期間で成立しやすい
• 事業譲渡：個別手続きが多く工程短縮が難しい

成立確度を高めるための準備ポイント

成立確度を高めるには、事前に譲渡対象の棚卸しや関係者マップの作成、必要な承諾や許認可の確認を徹底することが重要です。
また、デューデリジェンスで指摘されやすいリスクや課題を早期に洗い出し、解決策を用意しておくことで、交渉の円滑化や成立確度の向上につながります。
情報の整理と開示準備も欠かせません。

• 譲渡対象の棚卸し・関係者マップ作成
• 承諾・許認可の事前確認
• リスクの早期洗い出しと対策

NDA・アクセス制御・段階公開の設計

情報漏洩リスクを防ぐため、秘密保持契約（NDA）の締結や、情報開示の段階的な設計が重要です。
特に、重要情報や個人情報はアクセス制御を徹底し、必要最小限の範囲で開示することが求められます。
段階的な情報公開と管理体制の整備が、安心・安全な取引の実現につながります。

• NDAの締結
• アクセス権限の設定
• 段階的な情報公開の設計

どちらを選ぶ？判断フロー

事業譲渡と株式譲渡のどちらが自社に適しているかは、事業規模や資産構成、許認可の有無、移行の手間や時間制約など、さまざまな要素で判断が分かれます。
自社の状況や目的を整理し、最適なスキームを選択するための判断フローを確認しましょう。

事業規模・資産構成・許認可の有無で分岐

まず、譲渡したい範囲が会社全体か一部事業かを明確にしましょう。
許認可事業や特定の資産のみを売却したい場合は事業譲渡が適していますが、会社全体の経営権を移したい場合や許認可の再取得が難しい場合は株式譲渡が有効です。
資産構成や事業の複雑さも判断材料となります。

• 会社全体の売却→株式譲渡
• 一部事業・特定資産のみ→事業譲渡
• 許認可の再取得が困難→株式譲渡

在庫・固定資産・デジタル資産の切り分け可否

在庫や設備、デジタル資産など、譲渡対象を細かく選別したい場合は事業譲渡が適しています。
一方、資産の切り分けが難しい場合や、全てを一括で承継したい場合は株式譲渡がスムーズです。
どの資産を残し、どの資産を譲渡するか、事前にリストアップしておくと判断がしやすくなります。

• 資産の選別が必要→事業譲渡
• 一括承継が希望→株式譲渡

時間制約・開示制約・移行工数の観点

売却までの時間が限られている場合や、関係者への情報開示を最小限に抑えたい場合は、手続きがシンプルな株式譲渡が有利です。
一方、移行工数や関係者調整に十分な時間が取れる場合は、事業譲渡でも柔軟な設計が可能です。
自社のリソースやスケジュール感に合わせて選択しましょう。

• 短期間での売却希望→株式譲渡
• 柔軟な設計・調整が可能→事業譲渡

準備チェックリスト：今日から整える項目

スムーズな事業売却のためには、事前準備が不可欠です。
ここでは、今日から始められる準備項目をチェックリスト形式でまとめました。
これらを整えておくことで、査定や交渉、移行作業が格段にスムーズになります。

事業概要・KPI・収益モデルの1ページ要約

まずは、事業の全体像や強み、主要KPI、収益モデルを1ページにまとめておきましょう。
買い手にとって分かりやすい資料があることで、査定や交渉がスムーズに進みます。
自社の魅力や成長性を簡潔に伝えることがポイントです。

• 事業内容・強みの要約
• 主要KPI（売上・利益・顧客数など）
• 収益モデルの説明

契約・許認可・個人情報の棚卸し

譲渡対象となる契約書や許認可、個人情報のリストアップと現状整理を行いましょう。
どの契約が承継可能か、許認可の再取得が必要か、個人情報の取り扱いはどうするかを明確にしておくことで、移行時のトラブルを防げます。

• 契約書・許認可のリストアップ
• 承継可否の確認
• 個人情報の管理状況整理

移行範囲・検収基準・責任分担の文書化

譲渡対象の範囲や、移行後の検収基準、売主・買主の責任分担を文書化しておくことも重要です。
曖昧な点を残さず、双方が納得できる基準を設定することで、トラブルや誤解を未然に防げます。
事前に合意形成を図りましょう。

• 譲渡範囲の明確化
• 検収基準の設定
• 責任分担の文書化

よくあるつまずきと回避策

事業譲渡や株式譲渡の現場では、承諾取得の遅延や価格乖離、移行漏れなど、さまざまなトラブルが発生しがちです。
ここでは、よくあるつまずきとその回避策を具体的に解説します。

承諾取得の遅延→関係者マップと期限逆算

主要取引先や従業員、許認可元からの承諾取得が遅れると、全体のスケジュールに大きな影響が出ます。
事前に関係者マップを作成し、各承諾の取得期限を逆算してスケジュールを組むことで、遅延リスクを最小限に抑えられます。

• 関係者マップの作成
• 承諾取得期限の逆算
• 早期の調整・交渉

価格乖離→評価根拠と条件設計で調整

売主と買主の間で価格の認識に差が生じることは珍しくありません。
評価根拠や条件設計を明確にし、双方が納得できる形で調整を図ることが重要です。
第三者評価や複数案の提示も有効な手段となります。

• 評価根拠の明確化
• 条件設計の工夫
• 複数案の提示

移行漏れ→WBSとチェックリストの徹底

資産や契約、情報の移行漏れは、後々大きなトラブルにつながります。
WBS（作業分解構成図）やチェックリストを活用し、移行対象を一つひとつ確認・管理することが大切です。
担当者を明確にし、進捗管理を徹底しましょう。

• WBSの作成
• チェックリストの活用
• 担当者・進捗管理の徹底

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